Hạc cổ đen là loài chim lớn, cao 130–150 cm (51–60 inch) với sải cánh 230-cm (91-inch). Thể trọng trung bình khoảng 4,1 kg.[2][3]

Hạc cổ đen được John Latham mô tả lần đầu với tên Mycteria asiatica, sau đó nó được chuyển vào chi Xenorhynchus dựa vào hình thái học.[4] Dựa trên tập tính, Kahl[5] đề nghị đưa loài này vào chi Ephippiorhynchus, vốn là một chi đơn loài. Việc này đã được thực hiện trên cơ sở các dữ liệu về xương và tập tính,[6] cũng như dữ liệu lai ghép DNA-DNA và các dữ liệu sắc tố tế bào - b.[7] Các chi Xenorhynchus và Ephippiorhynchus được công bố đồng thời, và Kahl[5] đã chọn tên thứ hai làm tên chi của 2 loài.

Có 2 phân loài đã được công nhận là E. a. asiaticus ở Nam Á và Đông Nam Á, và E. a. australis ở nam New Guinea và Australia.[2]